Uskonnolliset kirjoitukset
Topeliuksen kirjailijantyötä leimaa hänen romanttisesti värittynyt kristillisyytensä. Hänen käsityksensä mukaan yksilö ja kansakunta tarvitsivat opettavaista, kristinuskosta lähtevää johdatusta. Topelius uskoi lujasti sallimuksen voimaan maailmanhistoriassa; Euroopan kansojen kohtaloita ohjasi Jumala tai Kaitselmus. Suomen erityistehtävänä oli viedä sivistystä kauemmas itään ja pohjoiseen. Topeliuksen uskonnollinen näkemys muuttui ankarammaksi ja pessimistisemmäksi 1860-luvun lopulla. Hänen mielestään kristinuskoon kohdistetut lisääntyneet hyökkäykset osoittivat, että maailma oli menossa kohti tuhoaan. Kirjoituksissaan, yksityisissä muistiinpanoissaan ja päivälehdissä käydyissä debateissa hän sanoutui irti yhteiskunnan uudenaikaistamisesta, kirjallisesta realismista ja naturalismista sekä darwinismista ja syntymässä olleesta sosialismista.
Virret
Topelius kuului Suomen evankelis-luterilaisen kirkon uuden virsikirjan valmistelutoimikuntaan (1868–1886). Työn tuloksena syntyi kaksi ehdotusta (1868 ja 1879), ennen kuin virsikirja valmistui vuonna 1886. Komitean tehtävänä oli uudistaa vuoden 1695 vanhaa virsikirjaa, huomioida aiempien toimikuntien ehdotuksia ja kirjoittaa uusia virsiä. Ehdotukset herättivät lehdissä kiivasta väittelyä, ja Topelius osallistui keskusteluun useilla artikkeleilla ja yhdellä kiistakirjoituksella. Vuoden 1886 virsikirjaan otettiin lopulta 34 Topeliuksen alkuperäisvirttä sekä 14 käännöstä tai muokkausta.
Muistiinpanoja elämästä ja Raamatusta
1870-luvun alussa Topelius rupesi pitämään kahta muistiinpanokirjaa, jotka sisällöltään täydensivät toisiaan. Toisessa oli muistiinpanoja »salatusta elämästä» ja toisessa »Pyhästä kirjasta». Ensiksi mainittuun hän merkitsi kuulemiaan tai lukemiaan mystisiä tapahtumia, ennusmerkkejä, profetioita ym., jotka viittasivat siihen, että maailman viimeiset ajat olivat käsillä. Kirjassa on kuusikymmentä sivua ja kolmisenkymmentä otsaketta.
Pyhästä kirjasta kirjoitetut muistiinpanot muodostavat yksityisen Raamatun hakusanakirjan, johon Topelius kirjoitti muistiin todellisuudessa kohtaamiaan raamatunkohtia vahvistavia ilmiöitä. Raamattusitaatit on ryhmitelty 73 otsakkeen alle, jollaisia ovat esimerkiksi »Maailmanhallinto», »Hyvät henget», »Hadeksesta», »Tuhatvuotinen valtakunta», »Rationalismia vastaan» ja »Lapsista». Lisäksi muistikirjassa on erityisiä »Muistiinpanoja Uudesta Testamentista». Molemmat muistiinpanokirjat antavat arvokkaita tietoja vanhenevan Topeliuksen ajattelusta ja maailmankuvasta, ja niihin perustui myös hänen viimeinen, molemmilla kielillä 1898 ilmestynyt kirjansa Blad ur min tänkebok, Lehtisiä mietekirjastani.
Lehtisiä mietekirjastani
Topelius kypsytteli kauan ajatusta, että hän tiivistäisi »henkilökohtaisen käsityksensä ajan ja ikuisuuden suurista kysymyksistä» kirjan muotoon. Vuonna 1870 hän teki ensimmäisen suunnitelman mietekirjaksi ja ryhtyi pitämään kahta yllä mainittua muistiinpanokirjaa. 1880-luvulla hän kirjoitti romaanin Tähtien turvatit (Planeternas skyddslingar 1886–1888, suom. 1890), jossa hän kääntyy uskonnollista välinpitämättömyyttä sekä materialismia ja itsekkyyttä vastaan. Varhaisin Lehtisiä mietekirjastani -teoksen luku on päivätty 1887. Tämän jälkeen hän piti mietekirjan kirjoittamisessa tauon mm. kirjoittaakseen Evankeliumin lapsille, Evangelium för Barnen (molemmilla kielillä 1893).
Syksyllä 1894 Topelius sai halvauskohtauksen, minkä jälkeen mietekirjan sisältö muuttui hengellisemmäksi. Tervehdyttyään hän kirjoitti useimmat kirjan yhteensä 40 luvusta, ja vielä viimeisenä työpäivänään helmikuussa 1898 hän työskenteli kirjan parissa. Kirja painettiin postuumisti Topeliuksen myöhemmän suunnitelman mukaisesti, ja alkusanat kirjoitti tytär, kirjailija Toini Topelius. Kuusi lukua jäi julkaisematta, ja vielä useampi jäi halvauskohtauksen takia kirjoittamatta, mm. naiskysymystä, kuvataidetta ja kuolemanrangaistusta koskevat luvut. Mietekirjassaan Topelius siis käsittelee ensi sijassa uskonnollisia asioita, joita ovat »Usko ja tieto», »Iankaikkinen elämä», »Synti, armo ja omatunto», »Sallimus», »Enkelit» ja »Kansa ja isänmaa», mutta myös maallisia aiheita, joita ovat »Sanomalehdistö», »Puolueet», »Raha» ja »Työ».
Evankeliumi lapsille
Lapset ja heidän ajatusmaailmansa olivat Topeliuksen mielestä ihanteellisia. Teoksessaan Lehtisiä mietekirjastani hän tuo esiin lasten kyvyn nähdä maailma kokonaisena ja »objektiivisesti»; lapset eivät harrasta laskelmointia eivätkä epätervettä ajattelua. Sen vuoksi Topeliuksesta oli erityisen tärkeää julkaista erityinen Evankeliumi lapsille. Siinä on lyhyitä selityksiä kirkkovuoden evankeliumiteksteistä. Topelius ei halunnut puhua lapsille kirkon saarnanuotilla, vaan pikemminkin kodin ja koulun tutummalla kielellä, koska lapset eivät jaksa kiinnostua väsyttävästä tai vaikeasti ymmärrettävästä kielestä. Konkreettisten esimerkkien avulla lapsetkin saataisiin ymmärtämään, mitä tarkoitti synti, armo, parannus ja vanhurskauttaminen.
Edellä mainitut teokset ja kirjoitukset esitellään edition osassa Religiösa skrifter och psalmer (julkaistaan syksyllä 2022).