Religiösa skrifter
Topelius författarskap genomsyras av hans romantiskt färgade kristendom. Han hade en föreställning om att individen och nationen behövde pedagogisk vägledning utgående från kristendomen. Enligt Topelius starka tro på det providentiella, d.v.s. försynens makt i världshistorien, styrdes nationernas öden i Europa av Gud eller Försynen. Finlands specifika uppgift var att föra civilisationen längre österut och norrut. I slutet av 1860-talet förändrades Topelius religiösa hållning, den blev strängare och mer pessimistisk. Han såg de ökade angreppen på den kristna tron som ett tecken på att världen gick mot sin undergång. I sitt författarskap, i sina privata anteckningar och i debatter i dagspressen tog han bl.a. avstånd från den moderna samhällsförändringen, den litterära realismen och naturalismen samt darwinismen och den framväxande socialismen.
Psalmer
Topelius satt i den kommitté som förberedde en ny psalmbok för den evangelisk-lutherska kyrkan i Finland (1868–1886). Arbetet resulterade i två förslag (1868 och 1879) innan psalmboken blev färdig 1886. Komitténs uppgift var att revidera den gamla psalmboken från 1695, beakta tidigare komittéers förslag och skriva nya psalmer. Förslagen debatterades flitigt i pressen och Topelius deltog i diskussionerna med flera artiklar och en debattskrift. I psalmboken 1886 intogs slutligen 34 originalpsalmer av Topelius samt 14 översättningar eller bearbetningar.
Anteckningar ur livet och Bibeln
I början av 1870 påbörjade Topelius två anteckningsböcker som till sitt innehåll kompletterade varandra, »Anteckningar om och ur det fördolda lifvet» och »Anteckningar ur och om Den heliga skrift». I den förstnämnda nedtecknade han mystiska händelser, järtecken, profetior m.m., som han hört eller läst om och som tydde på att världens yttersta tider stundade. Anteckningsboken omfattar sextio sidor och har ett trettiotal rubriker.
»Anteckningar ur och om Den heliga skrift» är en privat bibelkonkordans, där Topelius noterade bibelställen som styrkte de fenomen han mött i verkligheten. Bibelcitaten är grupperade under 73 rubriker som t.ex. »Världsstyrelsen», »De goda andarne», »Om Hades», »Det tusenåriga riket», »Mot rationalism» och »Om barnen». Dessutom ingår särskilda »Anteckningar ur Nya Testamentet». De båda anteckningsböckerna ger värdefulla insikter i den åldrande Topelius tänkande och världsbild och de låg också till grund för hans sista verk, Blad ur min tänkebok, som utkom postumt 1898.
Blad ur min tänkebok
Idén att sammanfatta sin »personliga uppfattning af tidens och evighetens stora frågor» i bokform mognade långsamt fram hos Topelius. År 1870 uppgjorde han den första planen till tänkeboken och påbörjade de två tidigare nämnda anteckningsböckerna. Under 1880-talet författade han romanen Planeternas skyddslingar, där han vänder sig mot religiös likgiltighet och mot materialism och själviskhet. Det tidigaste kapitlet för Blad ur min tänkebok är daterat 1887. Efter det tog han en paus med boken för att bl.a. författa sitt Evangelium för Barnen (1893).
Hösten 1894 drabbades Topelius av ett slaganfall och efter det blev innehållet i tänkeboken mera andligt. När han tillfrisknat skrev han de flesta av de totalt fyrtio kapitlen i boken och ännu under sin sista arbetsdag i februari 1898 arbetade han på den. Boken trycktes postumt enligt Topelius senare plan och förordet författades av dottern, författarinnan Toini Topelius. Sex kapitel förblev opublicerade och flera blev på grund av slaganfallet oskrivna, bl.a. kapitlen om kvinnofrågan, om bildande konst och om dödsstraffet. I sin tänkebok behandlar Topelius alltså i första hand religiösa frågeställningar som »Tro och vetande», »Evigt liv», »Synd, nåd och samvete», »Försyn», »Englarna» och »Folk och fädernesland», men också världsliga ämnen som »Pressen», »Partierna», »Penningen» och »Arbetet».
Evangelium för Barnen
För Topelius var barnen och deras tankevärld det ideala. I Blad ur min tänkebok framhåller han barnens förmåga att se världen som hel och »objektiv»; de ägnade sig inte åt beräkning eller osund reflektion. Att ge ut ett särskilt Evangelium för Barnen var för Topelius särskilt angeläget. Boken innehåller korta förklaringar över kyrkoårets evangelietexter. Topelius ville inte tala till barnen »med kyrkans predikan, utan med hemmets och skolans förtrognare språk», eftersom barn vände sig från sådant som tröttade ut eller var svårt att förstå. Med hjälp av konkreta exempel skulle begrepp som synd, nåd, bättring och rättfärdiggörelse bli möjliga att förstå också för barn.
Nämnda verk och skrifter presenteras i delutgåvan Religiösa skrifter och psalmer (under utgivning 2022).